AndroidManifestでUniwebView.AndroidPluginがLaunchActivityになってないと発生するそうです。
他のライブラリでLaunchActivityにする必要があるものがある場合はそれを含めてjarをリコンパイルする必要がありました。
下記のサイトに従うとできると思います http://uniwebview.onevcat.com/manual#manual-recompile
原因はAndroidに詳しくないのでなんとも言えないのだけど、LaunchActivityでないとバックグランドからフォアグランドに戻ったタイミングでアプリがメインスレッドを取得できずにUrlSchemeをハンドリングした時の処理に到達しないため。
